由于很多企业都同时参与到若干个不同的供应链中，特别是现代和未来市场的竞争已不是单个企业之间的竞争，而是供应链与供应链之间的竞争，因此，同时身处几个相互竞争的供应链中的企业，在跨供应链管理时存在诸多的问题和隐患，主要可以归结如下：
1.供应链间的目标和利益存在冲突，导致跨供应链管理的企业协调和适应难度加大
一般来说，跨供应链管理的企业由于“脚踩几只船”，这些“船”（供应链）的目标方向不同，利益体之间存在冲突，涉身其间的企业又必须要保护好其所参与各条供应链的利益和服从其整体目标，因此，导致企业难以协调，甚至左右为难，从而影响其决策的速度和质量，其结果必然使供应链的整体绩效难以充分发挥出来，丧失了供应链的优势，在激烈的市场竞争中无法持久立足。
2.跨供应链管理会为知识、信息等资源共享带来更多的保密义务和信任危机
供应链正常运作的基础是信息和知识的顺利共享，如果知识和信息不能很好地共享，必然导致供应链的扭曲，即“牛鞭效应”的存在。然而，在跨供应链的管理中，由于企业所参与的若干条供应链之间往往是相互竞争的。因此，供应链内的知识、信息共享与供应链间利益的矛盾冲突，使得这种知识和信息共享一方面表现异常复杂，另一方面容易导致供应链间知识和信息的泄密，出现更多的信任和忠诚危机。
3.跨供应链给企业带来更多的管理挑战
由于企业跨越多个供应链，每条供应链的运作流程、核心能力、整合模式等均可能各不相同，处于其间的企业在协调完成这些供应链间的职能时，难度将成倍地增长，所要处理的信息和需要消化、吸收的各类知识也成倍增加，所有这些均要求企业具有超凡的适应能力和整合、协调能力，不仅要求人力资源综合素质的提高，也对企业内的相关支持技术提出了更高的要求，从而带来了更多的管理成本和挑战。
4.跨供应链管理的企业转换成本也变得更高
供应链管理中，各成员企业为了能够协同合作，在企业的组织结构、经营方式、企业文化等方面均有适当的调整，以形成相对稳定和独特的供应链特征，从而为供应链竞争能力的提升和整体绩效的提高创造条件。因此，容易使企业为了供应链整体绩效的提高而投入大量的人力、物力、财力来进行供应链的整合而被“套牢”，导致转换成本增加，即脱离此供应链的各种制约因素增加，由此给跨供应链管理的企业所带来的转换成本将增大。由于供应链本身的择优性和动态性，使得供应链也在不断地调整和解除薄弱的环节以增强竞争力。对于跨供应链管理的企业往往由于协调的难度加大，而导致经营决策水平的降低，最终被解除（或曰淘汰）的风险也大幅提高，这种转换成本更加难以估计。转换成本类型下表所示。
此外，由于跨供应链管理所导致的沟通效率锐减致使各供应链响应速度的降低、价值分配不均（企业进行横向、纵向比较后的感觉）、企业绩效衡量标准也更加复杂等一系列问题，都给跨供应链管理的企业带来了很多制约。
