1、缺乏对农业物流的科学认识。现阶段，全社会的物流观念还没有完全树立起来，很多人把现代农业物流理解为农产品的仓储、运输和装卸等，没有认识到现代农业物流是蕴涵农业生产布局、结构调整、品种流向、农资和农产品实体运动所必须的装卸、储运、加工增值及相关服务与信息的环节链系统；没有认识到现代农业物流在降低流通成本和交易费用，提高农产品附加值，增强企业竞争力方面的独特作用。认识上的片面性导致农业物流因环节链的脱节无法实现整体上的科学、合理运作。
2、农业物流成本过高。我国农业生产大多是单户经营的形式，很难达到经济规模。农业生产资料的分散采购和农产品的分散销售方式也具有自发的盲目性。很容易导致利用率低，生产要素的供应时间长而不稳定，物流成本过高。如我国农产品物流成本占总成本的30%—40%，鲜活农产品达到60%以上，而发达国家的物流成本一般控制在10%左右。
3、农业物流技术装备水平低。交通动力不足，缺乏农业专用运输工具。存储、保鲜技术落后且条件差，加工处理水平低。例如，我国80%以上的生鲜食品是采用常温保存、流通和初加工。据统计，常温流通中果蔬约损失20%—30%，粮油15%、蛋15%、肉干耗3%，加上食品的等级间隔、运输及加工损耗，每年造成的经济损失约上千亿元。美国农产品加工前后增值比为1∶3.8，而我国仅为1∶1.8。
4、农业物流信息化滞后。尽管涉农部门建立了一些农业信息网络，但网络在乡、村出现断层，农业物流资源信息不集中，发布与更新不及时，导致农业物流信息共享度低，信息流通不畅。从全国看，农业物流缺乏经过统一规划设计的信息系统，信息技术还没有在农业物流中普遍应用，企业内部与企业之间信息化差距大，电子商务发展不足。
5、农业物流社会化与市场化程度低。无论是农资生产企业还是农产品生产企业，仍然热衷于自营物流，农民更是如此。虽然他们向运输企业或仓储企业寻求服务，但这些都仅限于一次性和临时、分散的物流服务，本质上仍然追求自己内部生产与物流的结合，制约了第三方农业物流的发展。同时由于缺少足够的用户，数量有限的第三方农业物流的规模和实力都较小，只能简单地提供运输、仓储和初加工服务。缺乏需求预测、精深加工、物流信息服务、成本控制和物流设施网络设计等增值服务，尤其是物流方案设计以及全程物流服务等更高层次的物流服务还没有开展。
6.农业物流标准化程度低。目前，我国仍未建立起适应农业物流发展的技术标准和工作标准体系，农业物流非标准化装备、设施、行为仍相当普遍。比如，各种运输方式之间装备标准不统一；包装标准与运输实施标准不配套；不少农产品的分类、分级、分等大多凭人工感觉，误差过大。这种状况给农产品的储存、运输和加工造成一定困难，严重影响了农业物流活动的质量、效率和效益的提高以及国际农业物流活动的通畅。
