作为一个安全的EDI报关系统，一是必须具有一个安全、可靠的通信网络，以保证报关信息安全、快速、准确地传递；
第二是必须保证数据库服务器绝对安全，防止黑客闯入网络盗取、篡改和破坏信息。
第三，是电子报关数据和电子签名的法律效力问题。电子数据报关单上没有申报单位的印鉴和报关员的签名，只有电子签名。从海关的电脑打印出来的电子数据报关单及其有关报关单证能否直接作为证据?通关作业改革实施后，在电子报关单和纸质报关单并存的情况下，出现两者内容不一致，应以哪种单证为有效单证?另外，由于电子数据的易消失性(如在操作时指令失当或染上电脑病毒，均会导致电子数据的部分或全部消失)和易改动性，主观上或客观上容易造成EDI用户与海关计算机记载的内容不一致，这时应以哪方计算机的储存内容为准?如何认定当事人申报不实或伪报、瞒报的法律责任等等。
