水路运价的结构主要可以分为：按距离的差别运价结构以及按货种的差别运价结构两种形式。
1．按距离差别的运价结构
运输费用是随着运输距离的延长而增加的，按距离远近制定水路运价是最简单也是最基本的运价结构形式。但实践中并不是完全按距离远近成正比例地制定运价，绝大多数距离运价是按递远递减原则制定的，即运价随着距离增加而增加，但不如距离增加的快。换言之，虽然运价总额长距离比短距离多，但每公里运价则是短距离时较高而长距离时较低。这是因为运输成本的变化是递远递减的，即单位运输成本是随着运输距离的延长而逐渐降低的。
运输支出按作业过程可以分为始发和到达作业支出、与运行作业有关的支出和中转作业支出三项。运输距离增加，虽然运输总支出会随着增加，但是其中成比例增加的只是与运行作业有关的支出和中转作业支出，而始发和到达作业支出是不变的。因此，运输距离长时，分摊到单位运输成本中的始发和到达作业费用较少，因而运输成本低。相反，如果运输距离短，分摊到单位运输成本中的始发和到达作业费用较多，成本就高。运输成本结构的这种变化是实行递远递减运价的基础。
2．按货种的差别运价结构
水路总运价是根据运价率和运输距离共同确定的，有些运价的计算还要加上另外的发、到作业费用。国外的距离运价结构中还有成组运价结构和基点运价结构。成组运价结构是将某一区域内的所有发送站或到达站集合成组，所有在一个组内的各点都适用同一运价，也被称为区域运价。影响各种货物运输成本的主要因素有：
(1)水路运输中由于各种货物的性质和状态不同，需要使用不同类型的货舱装载，从而对运输成本有不同的影响。
(2)各种货物的比重和包装状态不同，对船舶载重力的利用程度不同，完成同样周转量的不同货物所占用的运输能力和所花费的支出可能是不同的。
(3)由于货物性质和所使用的船舶类型不同，装卸作业的难易程度也不同。
(4)船舶停留时间长短不一，货流的集中程度对运输成本也有影响，有些货物不仅需要使用特殊的船舶，而且需要提供特殊的设施，这些都会使运输成本提高。
(5)各种货物的产销地理分布状况决定了其运输距离的不同，而不同运输距离的货物其运输成本是有差别的。
因此，在制定运价时要根据不同类别的货物制定相应的运价。按货种的差别运价是通过货物分类和确定级差来体现的。在我国现行运价制度中，水运和公路采用分级制，即将货物运价分成若干号或若干级别，每个运价号或级别都规定一个基本运价率，各种货物根据其运输成本和国家政策的要求，分别纳入适当的运价号或运价级别中去。
