HS是一部科学、系统的国际贸易商品分类体系。HS的总体结构包括三大部分：归类规则；类、章及子目注释；按顺序编排的目与子目编码及条文。这三部分是HS的法律性条文，具有严格的法律效力和严密的逻辑性。
1.为了保证国际上对HS使用和解释的一致性，使得某一特定商品能够始终如一地归入一个唯一编码，HS首先列明6条归类总规则，规定了使用HS对商品进行分类时必须遵守的分类原则和方法。
2.HS的许多类和章在开头均列有注释(类注、章注或子目注释)，严格界定了归入该类或该章中的商品范围，阐述HS中专用术语的定义或区分某些商品的技术标准及界限。
3.HS采用六位数编码，把全部国际贸易商品分为21类，97章(其中第77章为保留章)。章下再分为目和子目。商品编码的前两位数代表“章”，前四位数代表“目”。五、六位数代表“子目”。1996年版HS有5113个六位数子目。HS中，“类”基本上是按经济部门划分的，如食品、饮料和烟酒在第四类，化学工业及其相关工业产品在第六，纺织原料及制品在第十一类，机电设备在第十六类。运输设备在第十七类，武器、弹药在第十九类等。
HS“章”分类基本采取两种办法。
一是按商品原材料的属性分类，相同原料的产品一般归入同一章。章内按产品的加工程度从原料到成品顺序排列。如52章棉花，按原棉??已梳棉??棉纱??棉布顺序排列。
二是按商品的用途或性能分类。制造业的许多产品很难按其原料分类，尤其是可用多种材料制作的产品或由混合材料制成的产品(如第64章鞋、第65章帽、第95章玩具等)及机电仪产品等，HS按其功能或用途分为不同的章，而不考虑其使用何种原料，章内再按原料或加工程序排列出目或子目。HS的各章均列有一个起“兜底”作用，名为“其他”的子目，使任何进出口商品都能在这个分类体系中找到自己适当的位置。
