(一)对校园电子商务缺乏足够的认识
首先，体现在对校园电子商务理论的研究不足。由于受外界大环境影响，人们对网络教育形式过分推崇，急功近利思想严重，校际间攀比、跟风现象严重，在教育经费不足的状况下盲目“铺路搭桥”，把网络硬件建设作为实现教育现代化、教育信息化、提高教育质量的唯一标准，造成了一些不切实际的教育资金流失、浪费。
其次，对校园电子商务建设所需要的教育管理理念变革认识不足。很多人认为校园电子商务就是更新校园管理手段。然而实践证明，仅仅是改变管理手段已经不足以应付外界环境的迅速变化，要想成功变革就必须从教育管理理念的革新开始。也就是说，教育信息化最根本的不是技术问题，而是思维模式问题，因此在教育信息化的过程中，千万不要让人成为技术的奴隶，而应该让技术“融合”在人们的生活中，融合在师生的交互活动中，融合在整个教育系统中。
(二)电子商务.缺乏总体规划，建设中重网络设备，轻应用系统。
许多学校建立校园电子商务初期缺乏整体规划，网络建设缺乏必要的网络建设监督人员，项目公司实力较弱等导致建网质量低、网路不畅、带宽不足、访问性能差、等待时间长等。建网时不做远景考虑，不考虑网络技术发展方向，只重眼前，在设备选型上贪图便宜，结果买的产品已过时，甚至已淘汰。导致后期无法拓展，引起学校重复投资或错误投资。
另外，由于缺乏校园电子商务应用软件，现在市场上所谓的“校园网”多是一些厂商基于先进硬件提出的设备解决方案，没有完善的应用系统，不能很好地为教育教学服务。教育部要求我国高等院校在2005年前必须建立自己的校园网，为了达到这一目标，许多高校在规划建设阶段，缺乏总体思想戴在有限的财力下影响了总体规划，舍得硬件设备的投入，应用投资不舍得投入。硬件平台建成后，由于后续资金、观念、应用软件、管理制度等诸多方面因素，使得校园网没有成为教学、科研和教学管理的先进工具，只是作为浏览新闻、收发电子邮件的一般性工具，特别是成为某些人炒股、上网聊天和网上游戏的工具，未能达到校园网建设的真正目的。
(三)缺乏对校园电子商务有深刻理解的复合型人才。
校园电子商务作为新兴的教育形式必须有新的文化理念作支撑，要充分发挥其优势，必须有既懂IT技术又掌握现代教育技术理论及方法的复合型应用人才，而且这类人才应该产生于网络教育第一线的教师队伍中。但是，由于网络和软件开发人员是目前行业重点争夺的人才，在待遇不能与社会公司相比的情况下，各级学校普遍存在网络应用软件开发人员严重不足的局面。由于受传统教育观念和现代教育技术环境的影响与制约，目前这类人才非常稀少，成为校园电子商务应用的瓶颈，严重制约着校园电子商务的发展。
(四)校园电子商务缺乏有力的监督管理。
网络时代构筑起的新的生存方式和生活方式，正影响着大学生的情感、思想和心理。互联网信息量大，传播迅速并有高度的交互性和开放性，难免产生许多令人忧虑的负面影响。网络管理已成为校园电子商务管理的重要课题。现在面临的主要问题一是对网络内容控制不够。目前在部分学校校园网管理上出现混乱、无序现象，造成设备损害、线路不畅等失控行为时有发生。二是网络安全性能差。如IP地址被盗用、独享资源被设为共享、计算机病毒的侵入和传播、主服务器受攻击等。因此，建立可靠的安全系统已处在校园电子商务建设的重要位置。
